Ravnateljica
Predstavlja poslovodni organ in je pedagoški vodja.
Svet šole
Sestavljajo ga po trije predstavniki: ustanovitelja šole in občine, delavcev šole in sveta staršev. Svet šole opravlja z zakonom določene naloge.
Učiteljski zbor
Sestavljajo ga strokovni delavci šole. Obravnava vprašanja, ki so povezana z vzgojno-izobraževalnim delom ter opravlja druge naloge v skladu z zakonodajo.
Oddelčni učiteljski zbor
Sestavljajo ga učitelji, ki opravljajo vzgojno-izobraževalno delo v posameznem oddelku. Obravnava vzgojno-izobraževalno problematiko v oddelku ter opravlja druge naloge v skladu z zakonodajo.
Razrednik
Vodi delo oddelčnega učiteljskega zbora, analizira vzgojne in učne rezultate oddelka, sodeluje s starši in šolsko svetovalno službo ter opravlja druge naloge v skladu z zakonodajo.
Predmetni aktiv
Sestavljajo ga učitelji istega predmeta oziroma predmetnih področij. Obravnava problematiko predmeta oziroma predmetnega področja, usklajuje merila za ocenjevanje ter opravlja druge strokovne naloge, določene z letnim delovnim načrtom.
Na šoli deluje enajst strokovnih aktivov: za slovenščino, angleščino, latinščino, francoščino in španščino, nemščino, matematiko in informatiko, biologijo, kemijo, fiziko, zgodovino in geografijo, športno vzgojo ter za družboslovje (sociologija, psihologija, filozofija in likovna umetnost).
Svet staršev
Sestavljen je tako, da ima v njem vsak oddelek po enega predstavnika. Je posvetovalni organ, ki daje mnenje o predlogu razvoja šole, o letnem delovnem načrtu in poročilu, obravnava in daje soglasje k predlogu nadstandardnih storitev.
Skupnost dijakov
Organizirana je v Dijaški organizaciji Gimnazije Novo mesto (DOG). Ima svoj parlament, v katerem so vsi predsedniki posameznih oddelčnih skupnosti.